Os índios que habitavam o norte e nordeste mineiro eram pertencente aos grupos Ge ou Tapuias que originaram os Pataxós e os Machacalis, ligados aos aimorés e que povoavam o Espírito Santo, Bahia e Minas Gerais. Grande parte desses índios que habitavam os sertões mineiros foi denominada de Tocoiós e de Botocudos (denominação devido ao uso de botoques nos lábios inferiores) e esses últimos, habitavam toda a extensão do baixo Jequitinhonha, inclusive nas margens do Córrego Água Branca. No confronto com as expedições, tribos inteiras de índios eram exterminadas e os prisioneiros eram escravizados e obrigados a viverem em constante mobilidade. Somente no final do séc. XVII, com a descoberta do ouro em Vila Rica e redondezas, as expedições se dirigiram para aquelas paragens e o vale do Jequitinhonha caiu no esquecimento.  

A primeira descoberta de ouro, no final do século XVII, processou-se na cidade do Serro, atraindo multidões de garimpeiros. Nas regiões próximas - Diamantina, Minas Novas, Grão Mogol e em outras áreas - foram instalados os primeiros núcleos de mineiros. Os mineradores vasculharam os leitos dos rios e seus afluentes, obtendo riqueza fácil. A formação de vilas, povoados e pequenas cidades veio a seguir. Nessa ocasião, a exploração mineral ainda era processada horizontalmente, através de veios superficiais.

No inicio séc. XIX a Coroa Portuguesa resolveu fazer novas investidas, buscando o alargamento e controle de fronteiras. Foi em uma dessas expedições enviadas pela Cora que o Alferes Julião Fernandes Leão Taborda Gato e seus sessenta soldados chegou na foz com o Rio Jequitinhonha de um córrego que ele passou a chamar de São Miguel devido ao dia da sua chegada, 29 de setembro de 1811. Deu-se inicio as tentativas de domesticação de índios que não foram bem sucedidas e o combate com os índios foi necessário para a posse de terras e assentamentos para o cultivo da pecuária e agricultura. Há registros no livro “Impressões de Viagem de Belmonte à Vila de Jequitinhonha” de autoria de Eduardo Santos Maia datado de 1917, que um padre espanhol de nome João Aspicueta também já havia tentado, sem sucesso, a catequização dos índios botocudos e pataxos. Coube ao Frei Domingo Casallis, que acompanhava a expedição do Alferes, tal missão.

O médio Jequitinhonha, no setor Oriental era coberto por uma floresta Atlântica. Nos primeiros anos do século XVII o Alferes Julião Fernandes, comandando a Sétima Divisão Militar, promoveu sua ocupação e iniciou o combate às tribos indígenas em busca de terras propícias às pastagens. Os soldados limparam a área à mão armada. Os vaqueiros derrubaram a floresta. Em seu lugar surgiu o capim colonião, apascentando vacas e bois que se multiplicaram geometricamente. No início do século, era intenso o comércio entre a Vila de Belmonte, na Bahia, e Minas Novas, em Minas Gerais, através do rio Grande de Belmonte, o atual Jequitinhonha. Para proteção contra ataques de contrabandistas e índios, o Alferes Instalou postos de vigia ao longo do Rio Jequitinhonha. Foi instalado o Quartel de São Miguel – atual cidade de Jequitinhonha, o Quartel de Água Branca – atual cidade de Joaima, o Quartel do Salto Grande – atual cidade do Salto da Divisa, e o Quartel da Vigia, atual Almenara.

Almenara, cujo topônimo, vindo da língua árabe, significa “farol”, cumpriria a destinação histórica que lhe era peculiar. De Belmonte, na foz do Jequitinhonha, na Bahia, até as nascentes do Rio, o Posto da Vigia, ou hoje, simplesmente, Almenara, mero posto de aquartelamento de tropas e sentinela avançada à margem direta do Jequitinhonha, estrategicamente localizado numa colina, tornou-se, nas eras antigas, o reduto inexpugnável para vigilância e combate de contrabando de pedras e ouro, garantindo também a segurança de populações que para ali iam se deslocando, à medida que a colonização progredia em todo o Vale.

Os postos de aquartelamento de tropas e sentinela avançada, os simplesmente os Quartéis, já mencionados, como o núcleo de fundação da cidade de Almenara e de outras localidades ribeirinhas, próximas umas das outras, tiveram na lendária 7ª Divisão Militar, sob o comando do alferes Julião Fernandes Leão, os momentos iniciais de sua formação. Julião Fernandes Leão, o alferes do Jequitinhonha, moldaria, por assim dizer, no primeiro instante de existência das referidas localidades, o barro mítico e, pelos tempos afora, os postos avançados, localizados ao longo dos Rio que, defendidos valentemente pelos soldados do alferes, tornar-se-iam, cada um de per si, nos grandes municípios que hoje conhecemos: Almenara, Jequitinhonha, Joaima, Itinga e Salto da Divisa.

Um jornalista do Jequitinhonha, reconstruindo a história do vale e os passos pioneiros do alferes Julião Fernandes Leão, descreveu com inegável vivacidade, os Quartéis da 7ª Divisão Militar. Os Quartéis, afirma o pesquisador, se constituía num pequeno prédio e algumas casas de taipa cobertas com palhas. Ao seu redor, algumas árvores frutíferas guarnecidas por cerca que prevenia contra os possíveis ataques dos temidos índios botocudos, que vagavam por todas as terras que margeiam o Rio Jequitinhonha. Esse Quartel foi erguido para conter o contrabando de ouro e pedras preciosas e também para pacificar ou eliminar os índios. Irados com as atrocidades praticadas pelos portugueses, os indígenas abriram uma guerra sem fim contra o violento sistema de colonização.

Sob ordens da 7ª Divisão Militar, postos avançados foram construídos ao longo das margens do Jequitinhonha, dando origem a núcleos habitacionais ribeirinhas que posteriormente tornaram-se distritos e cidades que distam entre si, aproximadamente, 50 quilômetros lineares.``

 Logo no início dos anos setenta, do século XIX,  era a família Ferreira Souto a única que, no local da atual cidade, possuía uma propriedade, que no ano de 1874, foi vendida aos Srs. João Pedro de Oliveira Lages, João Antônio Cabacinha e Napoleão Fernandes Prates. Em 1875, chegaram a Vigia (atual Almenara) duas numerosas famílias, a de José Brandão e a de José Rodrigues, enviadas por João Antônio Cabacinha, para que fossem hospedadas em sua fazenda.

 São os troncos de famílias pioneiras de Almenara, que foram sendo reforçadas, gradativamente, durante a segunda metade do século XIX. A história foi se fazendo ao longo das décadas iniciais na mesma margem ribeirinha, desde a sua fundação. O Posto da Vigia, instalado à margem direita do Rio, foi o primeiro marco de Almenara, conforme as linhas de sua história. Somente após transcorridos sete décadas do século XIX, iniciou-se a ocupação da outra margem do Rio Jequitinhonha, onde se faz, a rigor, o núcleo populacional moderno de Almenara. A cidade deve, em grande parte, o progresso que desfruta a iniciativa particular, ajudada pela fertilidade do seu solo. Com a emancipação de Bandeira, Mata Verde e Divisópolis, Almenara passou a  possuis agora somente o Distrito de Pedra Grande.

 A localidade foi transformada no distrito de Araçuaí em 1887, com o nome de São João da Vigia, em homenagem ao seu padroeiro São João Batista. Em 1891, figura como distrito vinculado ao município de Jequitinhonha. Vila por Decreto-lei nº58, de 12 de janeiro de 1938, compreendendo os distritos da sede, Pedra Grande, Rubim, Salto Grande (atual Salto da Divisa), Jacinto, Bandeira e Palestina (atual Jordânia)``.

  Em 31 de Dezembro de 1943, pelo Decreto-lei nº 1058, foi emancipado e passou a vigorar a denominação atual, por sugestão do Desembargador Mário Matos, secretário particular do então governador Benedito Valadares. No mesmo Decreto-lei, Almenara perde os distritos de Jacinto, Jordânia, Salto da Divisa e Rubim.